Создание отдела нанотехнологий было обусловлено созданием Федеральной целевой программы (ФЦП) «Развития инфраструктуры наноиндустрии в Российской Федерации на 2008÷2010 годы» (постановление Правительства РФ от 2 августа 2007 г. №498). В этой ФЦП было предусмотрено создание в Российской Федерации современной инфраструктуры национальной нанотехнологической сети для развития и реализации потенциала отечественной наноиндустрии. В качестве задач, решаемых в данной ФЦП, были названы:
— оснащение специальным экспериментальным, диагностическим, метрологическим, научно-техническим оборудованием элементов национальной нанотехнологической сети, формируемых на базе государственных организаций;
— создание и функционирование системы обмена информацией между организациями, входящими в состав национальной нанотехнологической сети;
— формирование системы методического обеспечения, регламентирующего безопасность создания и применения нанотехнологий и наноматериалов.
В состав национальной нанотехнологической сети входят:
— головная научная организация Программы координации работ в области нанотехнологий и наноматериалов в Российской Федерации (далее – головная научная организация), которая определена на конкурсной основе, — федеральное государственное учреждение Российский научный центр «Курчатовский институт»;
— головные организации отраслей, определяемые федеральными органами исполнительной власти – государственными заказчиками Программы из числа крупных отраслевых специализированных научно-технологических комплексов.
Головной организацией Федерального агентства по направлению «Функциональные наноматериалы для космической техники» было определено Федеральное государственное унитарное предприятие «Исследовательский центр имени М.В. Келдыша» (ФГУП «Центр Келдыша»).
На создание «Центра по применению нанотехнологий в энергетике и электроснабжении космических систем» ФГУП «Центр Келдыша» в рамках ФЦП было выделено финансирование, которое позволило выстроить корпус для отдела нанотехнологий.

Приказом директора ФГУП «Центр Келдыша» академиком РАН А.С. Коротеевым в декабре 2008 года было образовано самостоятельное структурное подразделение – отдел нанотехнологий (отдел 30), подчиняющийся директору ФГУП «Центр Келдыша».
В рамках отдела нанотехнологий функционирует Центр коллективного пользования, созданный согласно ФЦП, который располагает современным аналитическим оборудованием, расположенным в чистых помещениях (класс чистоты №6-№7).

Подробно оборудование центра коллективного пользования, его характеристики и задачи, решаемые на нем, описаны в соответствующем разделе сайта.